אחד הנושאים המרכזיים בהם עוסק המכון החרדי הינו תכנון אסטרטגי לדיור לאוכלוסיה החרדית. במסגרת זו, נכתבו במכון שתי תכניות אופרטיביות המקיפות תחום זה.
במסגרת התכנית הראשונה גיבש צוות משותף של המכון החרדי למחקרי מדיניות ומשרד השיכון והבינוי תוכנית אב אסטרטגית לדיור לאוכלוסייה החרדית לשנים 2016-2035. התכנית חוברה בשיתוף נציגי משרדי ממשלה שונים, חוקרים, כלכלנים ואנשי אקדמיה והינה חלק מהתכנית החברתית של הממשלה בנושא דיור וחברה. התכנית שימשה בסיס להחלטת ממשלה (מס' 1823) שכללה הנחיה להוציא, במקביל למימוש יעדי התכנון לאוכלוסייה החרדית, תדריך תכנון מותאם לקרקעות המיועדות לחברה החרדית.
באוקטובר 2020 ראה אור החלק השני של הפרויקט – ה'תדריך לתכנון עירוני של שכונות לאוכלוסייה החרדית'. התדריך מהווה למעשה שלב ב' בתוכנית האסטרטגית לדיור לחברה החרדית, והוא המשך ישיר לעבודה המשותפת בשלב א' של משרד הבינוי והשיכון והמכון החרדי למחקרי מדיניות, ולכן נכתב גם הוא במשותף, כדרך שנכתבה התכנית הראשונה. צוות העבודה הורכב מאנשי מחקר ושדה מהמכון החרדי למחקרי מדיניות, מאנשי מקצוע לתכנון ובנייה מהאגף לתכנון בכיר במשרד הבינוי והשיכון, בהובלת האדריכלית הראשית.