בדו”ח מבקר המדינה, נחשפים הליקויים בשילוב החרדים בהשכלה הגבוהה בישראל, המופנה למל”ג והות”ת, מתוך שורה של כשלים: סכומי עתק ללא פיקוח ורגולציה, שיעורי נשירה גבוהים של סטודנטים חרדים, ירידה מתמשכת בכניסת גברים חרדים לאקדמיה – לצד מימון לימודי הוראה לנשים בשוק שאין בו דרישה.
מהדו”ח עולה כי בשנים הראשונות ליישום התוכנית (2010-2011) אמנם עלה מספר החרדים המשתלבים, אך בשנת 2016 היא לא עמדה ביעד המקורי שהציבה למספר הסטודנטים החרדים באקדמיה. בנוסף, אחוז הגברים המשולבים – אוכלוסיית היעד המרכזית של התוכנית – נמצא בשנה החולפת במגמת ירידה, כאשר גם מספר הסטודנטים החרדים כולו נמצא במגמת צמצום.